受到新冠肺炎疫情影響，包含台灣在內，世界各國紛紛採取邊境管制措施，在無法出國的情況之下，民眾只能選擇在國內旅遊，加上政府推出振興三倍券、安心旅遊等各種補助，國旅迎接前所未有的盛況；但對於離島來說，大量觀光客除了帶來錢潮外，交通堵塞、垃圾過量、民生資源不足等問題，已經嚴重影響到當地居民的日常生活，就連旅客也抱怨「旅遊品質好糟糕！」若沒有相關配套措施，不僅讓民眾對國旅的印象大打折扣，恐怕也會對環境造成不可逆的傷害。
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隨著台灣疫情逐漸受到控制，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中多次「下鄉」振興地方經濟， 5 月 23 日還帶隊到墾丁，示範防疫新生活運動及推廣國內觀光，報復性國旅人潮開始湧現，加上交通部觀光局 7 月起推出安心旅遊國旅補助，自由行住宿每晚補助 1,000 元，離島地區另有加碼，民眾在無法出國的情況下，加上適逢暑假期間，觀光地區出現大量旅遊人潮。
以小琉球為例，島上人口約 1.2 萬人，但在端午連假期間單日登島人次竟高達 1.4 萬人，比居民還要多！旅客在大熱天排隊等搭船，引發不少抱怨。蘭嶼近期每天都有超過 3,000 名旅客造訪，使得用電量大增， 6 月至今已發生過 3 次跳電、停電，能源供應吃緊。
至於綠島，因為旅客大量湧入，旅遊部落客愛吃鬼芸芸在臉書上「機車瀑布」照片，狹小的街道上滿滿地都是車潮，也讓不少人大感吃驚。
事實上，這些離島資源有限，民生用品皆需仰賴本島運送，甚至島上因缺少汙水處理場， 一般的生活廢水都是直接排入海中，對生態環境造成影響；島上也沒有垃圾焚化廠，所有垃圾必須運到本島處理，每日清運量有限；醫療資源也同樣缺乏，離島多半是公費醫師，服務年限一到就會離開，若有重大疾病需求，必須到本島才可以接受治療。
為減低人潮對離島環境傷害，交通部觀光局在 2018 年著手評估對綠島、蘭嶼、小琉球遊客總量管制可行性，盼產業發展同時兼顧旅遊品質，但到目前為止仍沒有下文。有觀光學者認為，總量管制雖然可以保護當地生態環境，但對當地旅宿、餐飲業者來說，此舉無疑是「擋人財路」，勢必會有反對聲浪，影響層面甚廣，短期內恐難以實現。
此外，觀光局也於 2018 年公告訂定「觀光地區與風景特定及自然人文生態觀光地區觀光保育費收取辦法」，針對特定景點可收取每人最高 200 元的「觀光保育費」，雖然之前傳出有離島地區已在研擬收費方式，但根據了解，目前仍卡在費用收取範圍、費率等問題，後續也要送交通部備查後才能實施。
針對近期國旅人潮大爆發所引發的亂象，交通部長林佳龍表示，將會暫緩島及東部地區的 1,000 萬元行銷補助預算，並且加強其他縣市行銷工作，希望可以分散人潮；觀光局也補充說明，因近期東部地區及離島等縣市適逢暑期旺季，旅遊人潮暴增，為了分散旅客，因此暫緩宜花東及離島的補助。
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