「港版國安法」正式上路實施後，不僅追求民主的香港人民感到憂心，由於該法對境外對象及境外發生的事件亦有規範，加上台灣一向被北京視為中國領土的一部分，因此我方駐港機構未來的運作是否會被影響也受到關注。對此陸委會則呼籲，希望港府本著機構初成立時的雙方初衷，讓交流目的免於政治的干預；而若未來港府就國安法要求我方提供資料，我方也絕無可能妥協。
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16 日下午的例行記者會，陸委會主委陳明通親自主持，被問到有關駐港機構是否因「港版國安法」的實施受到干擾時，陳明通表示，該法引起許多恐慌，但我方駐港機構是經過台港雙方正式換文成立的交流機構，機構功能在換文內容裡也已說得非常清楚、從未違反當初的承諾，因此港方完全沒有理由干涉駐港機構在當地的運作。
陳明通也重申，港方不應違反初衷，而讓額外的政治因素干預台港交流，倘若現在要加上這些政治條件，台灣方面也不可能接受；對於港方無視我駐港機構促進雙方交流的重要性，陸委會深深感到不以為然，將全力維護國人安全，捍衛台灣駐港機構權益。
至於若港府未來引用國安法，要求我方駐港機構提供資料的話，我方是否會配合時，陳明通則強調「絕無可能」，並說「沒有什麼好協商的，就是斷然拒絕」。
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對於「港版國安法」的過程與實施，陸委會認為，該法欠缺民主合法程序，嚴重侵犯民主人權，已影響區域安全，造成國際社會不安。該法爭議之處，包括定義浮濫、欠缺明確性，違反罪刑法定原則；域外管轄效力毫無節制，冒犯世界各國主權；高度侵犯思想、言論、新聞、網路自由及天賦人權；「送中條例」趁勢借屍還魂，助長中共遂行「人質外交」；動搖基本法明文之司法權與終審權，破壞司法獨立；中共國安機構凌駕港府；專擅立法未廣泛徵求港人同意等。其對香港、國際社會、台港乃至兩岸關係，所產生的負面影響廣泛且深遠。
陸委會表示，針對「港版國安法」所帶來的高度風險與危害，台灣政府將堅定守護國家主權與民主自由的立場，與國際持續支持港人爭取自由人權及共同捍衛普世價值。因此，政府將隨時密注情勢並發布警示，提醒國人赴陸港澳風險；強化赴港澳通報機制，加強公務員赴港澳安全宣導；完善「台港服務交流辦公室」，具體行動關照港人；研議爭取香港優秀企業、人才，壯大台灣發展量能；保持與各國聯繫合作，守護民主之戰略互助；籲相關方面應共同維繫台港正常交流，保障我民眾及駐港機構權益；強化管理涉陸之港澳人士及資金來臺，升級國安應處；認清「一國兩制」包藏禍心，團結抵制中共政治圖謀。