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雖然上述戰機能夠攜帶空對空飛彈執行作戰任務，但是萬一戰時機場跑道遭到破壞，戰機恐怕就無法升空作戰，所以還是要靠防空飛彈殲滅來犯敵機、敵方飛彈。
在陸基防空飛彈方面，共分為國產的天弓防空飛彈系統與美製防空飛彈。天弓飛彈包括雷達主動導引天弓二型飛彈與天弓三型飛彈，近年來，共機不斷繞台，為了強化東部地區防空能量，國軍已在宜蘭、花蓮、台東完成國產天弓三型防空飛彈部署，弓三飛彈具備彈道飛彈攔截能力，將逐步取代老舊的鷹式飛彈。
國人自製防空飛彈並沒有經過實戰測驗，而MIM-104愛國者飛彈則是通過中東多次戰爭驗證。1991年1月18日波斯灣戰爭期間，美軍愛國者飛彈成功攔截一枚伊拉克發射到沙烏地阿拉伯的飛毛腿飛彈，這是人類戰史上，首次有空防系統擊落敵方戰區彈道飛彈。但是第一次波斯灣戰爭期間，也有愛國者飛彈攔截失敗經驗，造成14名美軍殉職。
目前解放軍部署對台短程地對地超過1200枚，國安高層分析，以解放軍500具陸基飛彈發射設施來換算，第一波攻台時預計可發射500枚飛彈，面對來犯敵方彈道飛彈，愛國者飛彈採取發射2枚攔截一枚飛彈模式，也就是台灣面對第一波攻擊需要發射1000枚愛國者飛彈攔截，以每枚愛三飛彈至少200萬美金來換算，將對我國財政是沈重負擔。
因此儘管國外媒體曾評比台灣防空飛彈密度全球最高，防空能力不容忽視，但是面對兩岸軍力不斷失衡，台灣沒有本錢與中國大陸做軍備競賽，恐怕還是要透過政治協商，化解緊張態勢。
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