中國全國人民代表大會常務委員會日前通過「香港特別行政區維護國家安全法」草案，並於7月初火速在香港刊憲生效，由於法條內容有諸多爭議，也引發國際的關注與撻伐。台灣前總統馬英九 5 日受訪時卻表示「蔡政府任期內通過的國安五法也不遑多讓」，將台灣的《國安五法》類比香港《國安法》，引起台灣執政方不滿，認為這樣的類比並不恰當。對此陸委會亦表示， 2 者的立法基礎完全不同。
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9 日下午在例行記者會上，陸委會副主委邱垂正聲稱，近年越來越多國家以立法來保護國家免於境外勢力的不法滲透及破壞，而台灣的《國安五法》及《反滲透法》亦是透過民主的立法程序訂立的，為的是在必要範圍內強化民主防衛，以維護國安和自由、民主的憲政體制能正常運作，相關法規並未限制憲法規範人民有的言論及表意自由，與港版國安法的立法基礎並不相同。
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邱垂正並表示，港版國安法是專制政權透過無民意授權的機制進行立法的，還繞過了香港立法機構，制定讓人民「因言獲罪」的法律，管轄權還無所不在、無所不包，根本無法與台灣的有關法令相提並論。
最後，邱垂正強調，中華民國是個民主法治的國家，所有涉及人民權利義務的法律，都是基於獨立、超然的司法體系，經過一定的立法程序，公開、透明且受到社會的監督而制定的；與北京強行通過港版國安法截然不同，當中的差異顯而易見，足讓世人觀察。