自86年3月20日，台灣經歷24年口蹄疫疫情，世界動物衛生組織（OIE）大會正式通過，認可臺灣（台丶澎丶馬）為「不施打疫苗口蹄疫非疫區」，107年7月1日停止施打口蹄疫疫苗，並於停打滿1年（108年7月1日）無疫情後，申請為不施打疫苗非疫區；而金門則於106年9月向OIE申請為施打疫苗口蹄疫非疫區，並於107年5月24日取得認定，但目前還未「拔針」解禁。
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金門縣政府今天表示，由於金門88年牛隻O Taiwan病毒株口蹄疫丶101年O型東南株口蹄疫及104年在A型口蹄疫事件，使口蹄疫整體防疫時程遭受拖延，OIE同意台灣分為2個區域申請口蹄疫非疫區，台、澎、馬為一區，而金門因地理位置鄰近大陸而成為風險較高之區域及104年A型口蹄疫事件，使金門在口蹄疫拔針之期程較晚，現仍為施打疫苗口蹄疫非疫區。
目前金門縣偶蹄類（牛、羊、鹿、豬）仍持續進行每年2次口蹄疫疫苗免疫注射，以及血清中和抗體監測等。
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金門目前牛隻飼養6千餘頭、羊6千餘隻、豬隻1萬餘頭，若要像台澎馬一樣改列不打疫苗的非疫區，則至少必須進行3年以上拔針計畫。OIE對於「不施打疫苗口蹄疫非疫區」認定有一定之程序，為朝拔針目標前進，金門目前已經委託國立中興大學進行「金門縣停止施打口蹄疫疫苗之風險分析與質化評估計畫」，本計畫預計於109年12月完成，報告結果將做為後續哨兵豬試驗、同居試驗、中和血清抗體監測等試驗數據，朝拔針之目標前進。
在肉品輸台方面，按現行規定，符合「福建省金門縣偶蹄類動物及其產品禁止輸往臺灣本島及其他離島」第四點，仍可持續辦理銷台。經隔離檢疫合格，並貼有合格標籤之生鮮牛肉可以銷台外，其他未經隔離檢疫偶蹄類生鮮肉品仍管制禁止輸台或攜帶至台灣。