因近日金門地區有船舶航行出禁限制水域與大陸船舶接觸或交易，為避免造成疫情破口，金門縣疫情指揮中心已協請海巡單位加強巡邏，也呼籲地區船主及業者配合。
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為避免漁船及動力小船或遊艇越界與大陸船舶接觸或交易，金門縣府於109年2月14日公告「為因應嚴重特殊傳染性肺炎防疫，自109年2月15日凌晨0時起，禁止本國籍漁船、動力小船、遊艇，航行超越金門縣限制、禁止水域一定範圍或與大陸船舶接觸」。雖近期疫情趨緩，但中央疫情指揮中心對於邊境防疫政策卻未鬆綁，縣府也遵照中央政策，不敢鬆懈。
然金門縣疫情指揮中心近期接獲海巡單位通知有船舶航行超越本縣限制、禁止水域一定範圍違反公告禁令，一個月內計有3案計7名船員違規，已由金門縣衛生局依規定開立居家檢疫通知書，須進行居家檢疫14天。
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縣府再次重申與呼籲，在禁令尚未解除前，為維地區整體防疫需求，仍請船主及業者務必配合辦理以免受居家檢疫管制。若有特殊狀況如赴台修繕、運補、協助海底管線搶修等，應向主管機關事先申請許可。
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