遠東航空去年12月13日無預警停飛，交通部於今年1月底廢止遠航民用航空運輸營運許可證（AOC），所有航權全數廢止，遠航對此提出訴願，交通部訴願委員會審理後認為相關程序有誤，近日回函撤銷處分廢止許可等，但交通部強調，僅要求民航局補正程序，而非變更處分。
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交通部表示，遠航違反《民航法》第112條第4項，民用航空運輸業未依規定申請停業或結束停業，處新台幣60萬元以上、300萬元以下罰鍰，並由民航局報請交通部廢止許可後，註銷其許可證，並供支有關機關廢止其登記。
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因此，有權限廢止遠航AOC的單位是交通部，而不是民航局，但是民航局逕行名義，廢止遠航的AOC，就管轄權來說並不適法，交通部審查後撤銷廢止遠航AOC證照的處分，同時也駁回當時民航局針對遠航提出的相關罰鍰處分。
但交通部仍強調，廢止遠航的民用航空運輸業許可、註銷許可證與獲配航權部分，處分的實質效果不變，但會通知程序需再行檢討補正。