總統府內電腦15日傳出遭到駭客攻擊，部分媒體記者的電子信箱收到總統府寄出的信件，內容除了記載許多總統府幕僚，協助總統蔡英文與行政院長蘇貞昌的會談資料外，就連當初與準副總統賴清德進行黨內初選時，所進行的初選評估也包括在內。府方也隨即澄清，文件內容是遭到駭客竄改，已經循司法途徑揪出幕後黑手，不過曾任職於國安會的前立委候選人吳怡農，就對外表示其實「很多」的國家機密外洩，政府的防護機制脆弱，且政府並未將其視為核心問題來面對。
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吳怡農表示，總統或行政院長若下令檢視2016年至今所有涉及政府系統的資安事件，就會發現一個清楚的脈絡，「從最高機構總統府到三級單位如氣象局，政府的資訊網絡極為脆弱，並長期遭受境外勢力大規模、系統性的侵入。」吳怡農說，「包括全民健保資料庫、公文系統等等，近期更透過委外廠商取得系統權限。這些重要的資訊都是全民資產，也是政府的責任。」
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過去曾任職於國安會的吳怡農，雖然表示不想針對個案作評論，但他認為，有文件從總統府的電腦或系統流出，這的確是有可能，而且可以被執行的。「只要有漏洞，不管是個人疏忽或是透過系統侵入，都有可能會被駭客找到方式。」吳怡農說，「不可以每一次都出事再一一處理，現在政府缺乏一個資訊安全的專責單位，因此他建議，需要有一個系統性的、有規模性的單位，來因應越來越數位化的世界，創造比較安全的介面。」
吳怡農也強調，從馬政府時期的國安會，就有針對政府系統資安問題，想要進行安全設計與管理，但接連開了幾次會後，「反倒變成向外檢討，例如嚴管民間（金融、水電、交通等領域業者）的資通訊安全。」吳怡農說，過去幾年，蔡政府也延續此政策方向：行政院推動「資安管理法」，國安會研擬「國家資通安全戰略報告」，但始終沒有把重點放在政府「內部」的問題。也就是說，存放國家最機敏資料的機制，沒有被當成核心問題來面對。