國軍敦睦艦隊群聚感染事件，引發各界對軍艦防疫的關注，國防部也針對這次事件，訂定更明確的的艦上防疫SOP。
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國防部副部長上將張哲平表示，已經訂定更明確的3步驟規範，若是軍艦在外，發生疑似個案就先隔離，然後回報，最後進行評估，如果近距離可用飛機載回就會載，但若是直升機也無法載回，就會終止任務。
另外，指揮中心今（4）天表示，本次敦睦遠航支隊確定病例與極可能病例仍僅限於磐石艦。以磐石艦確定病例艙間分布來看，並無特別時間與空間群聚現象，推測是因船艦空間狹小、人員活動密切接觸造成病毒傳播。
指揮中心表示，磐石艦上共377人，本次疫情病例數35人，侵襲率約9％，相較他國海軍艦隊如法國戴高樂號（侵襲率52%）、美國羅斯福號（侵襲率24%）為低，疫情規模較小，推測是因磐石艦上推行戴口罩、發燒者進行隔離等相關防治措施有關。
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