根據周刊媒體爆料，傳出疾病管制署遭到國際駭客入侵，對此疾管署特別召開記者會說明，針對駭客入侵一事，發言人莊人祥表示，這些帳號的外洩，不是直接從主機洩漏出去的。
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莊人祥提到，在今（2020）年4月23日接獲國家資通安全會報技術服務中心通報發生公務電子郵件帳密資料外洩事件計68筆，隨即進行清查，結果發現其中65筆資料為2018年、2019年曾經通報之歷史資料（2018年56筆、2019年9筆），3筆為今年首次出現；目前已針對這些外洩的電子郵件帳號予以停用。
莊人祥強調，這些帳號遭駭，是因為內部有人利用公務帳號註冊外網服務，外網被駭後，讓帳密洩漏出來，推測可能是一些電商、服務的網站。但他也強調，這跟疫情不相關，不會影響防疫工作。
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疾管署於2018年首次接獲資安情資時即完成清查，除確認沒有跟使用中的帳密相符外，也請相關同仁要定期更換密碼，並勿使用公務帳號註冊外部服務。且自2006年開始，電腦使用180天就必須更換密碼，自2017年8月起配合資安規定，由180天縮短至90天就必須更換密碼，持續到現在。
※【
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因應新冠肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，國外入境後如有發燒、咳嗽等不適症狀，請撥打「
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0800-001922」，並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。