因應新冠肺炎疫情持續蔓延，台灣的疫情狀況，也因為海軍敦睦艦隊計畫，確診案例也突然暴增。而外界也將矛頭指向國防部督導不周。對此曾經擔任台大醫師的台北市長柯文哲，則以「罵底下醫生護士也不會讓病人止血」為例，希望外界少點「獵女巫」的行為，讓政府去進行相關危機處理。
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柯文哲直言，軍隊是國家命脈，出了問題當然該去檢討的還是要去檢討。「但是也不要用獵女巫、燒女巫的方式。」柯文哲說，「坦白講，這已經是跨部會，應該中央出來說要怎麼解決，這不是衛服部、還牽涉到軍方，該怎麼解決就怎麼解決。」
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「軍艦上27人確診，發了二十萬封細胞簡訊，就我的醫學專長，我覺得這個是危機。」柯文哲也以自己過去在台大醫院為例，表示「開刀不順病人在流血，罵小醫生小護士，血也不會止掉啊！」柯文哲說，「你罵小醫生小護士血也不會止吧？該夾的地方夾起來，全部處理完要罵人再罵人，就我的專業，我也覺得這是危機，就把問題解決掉。」