敦睦艦隊24人確診，台灣防疫因國防部出現破口，社區感染的風險也因此提升，目前中央流行疫情指揮中心正在積極回溯確診個案的足跡，盼能亡羊補牢；但海軍多次說法前後不一也遭質疑說謊、隱匿，引發爭議。蔡英文蔡英文總統在今（20）天緊急召開國安會議，要求國防部誠實以對、不要隱匿。
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蔡英文稍早在臉書發文表示，敦睦艦隊的事件，攸關國內的疫情控管，及國人對國軍的信任。今天早上她召集國防部嚴德發部長、衛福部陳時中部長，和國防、國安及防疫相關單位開會，針對敦睦艦隊後續調查檢討做出指示，也告誡國防部「誠實以對」是最高原則。
蔡英文同時下達指令，要求國防部配合中央流行疫情指揮中心疫調，在最短時間內完成內部調查，在執行任務的前、中、後是否有所疏失，該檢討的就檢討，該咎責的也不能迴避，公開向社會完整說明，讓國人釋疑。而這次敦睦敦睦艦隊是執行戰訓任務，參與任務的官兵都已經集中檢疫，不論確診與否、症狀為何，國家有責任給予最好的照顧，要國軍不要擔心，也要國軍配合疫調與檢疫措施，共同守護家園。
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最後，蔡英文表示，防疫期間，國軍弟兄姊妹投入多項防疫工作，為了因應區域情勢的變化，更是隨時待命、保家衛國。這些得來不易的成果，不容許遭到破壞，「我們共同的敵人是病毒，不是彼此。」蔡英文也要求國防部及其他政府機關「不隱匿」是這次面對疫情最重要的態度。問題已經發生，承擔責任，全力解決，才符合人民對政府的期待。