民眾黨立院黨團25日下午在臉書上PO文，表示應當讓行政院長蘇貞昌擔任指揮官。不過這樣的說法卻遭到身兼黨主席的台北市長柯文哲反對，表示「一道菜不好吃就要換掉整個廚房嗎？」引發熱議。對此民眾黨發言人楊寶楨今天（27日）上午也出面做出回應，表示「黨團對事不對人，也沒有所謂主席打臉黨團的狀況。」
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台灣民眾黨在臉書上PO文，針對滯留武漢台商的返台方式，陳時中表示「如果當地解封，台人可以自行回台」，但行政院長蘇貞昌卻「逆時鐘」給出相反答案：「一定要包機返台」。民眾黨方面表示，「我們建議蘇院長親自指揮，更能綜觀全局，有效進行跨部會協調，將行政資源與效率發揮到最大。最重要的，是讓操勞多日的陳部長能喘口氣，將注意力全放在防疫措施上，以專業建構台灣的防疫城牆。」
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不過此番說法一出，也被外界解讀為民眾黨希望「時中下貞昌上」引發外界討論。不只民眾黨臉書粉絲專頁遭到網友留言灌爆，一向被視為同為第三勢力盟友的時代力量，也在臉書上PO出自家民調，直指現階段民意都認為陳時中才是指揮官最適合的人選。而隔天（26日）黨主席柯文哲也被問及相關議題。柯文哲則表示，當下看到貼文時有打電話到黨團問。「一道菜不好吃，你就要把整個廚房換掉嗎？」柯文哲疑惑表示，「奇怪，不用這樣！」柯文哲最後也表示，他還是站在擁護中央的立場。
而今天上午民眾黨發言人楊寶楨出面接受媒體訪問時，表示「感謝而且肯定中央防疫團隊和陳時中指揮官的努力與作為，先前的主張裡面，完全沒有要撤換陳時中指揮官的意思，只是針對整個體系與法制面進行監督，是對事不對人。」楊寶楨也直言，「我們跟主席的溝通很順暢，主席是善意的提醒不是打臉，也沒有切割的問題。」