台北市長柯文哲日前接受電子媒體專訪時，被問到衛福部長陳時中現階段的防疫作為，柯文哲表示「除非副總統陳建明來做，不然不會比現在更好」而記者也追問「如果是你去做呢？」柯文哲也表示「我去做防疫指揮官也不差」引發外界討論。對此柯文哲今天（9日）接受訪問時，表示自己只是「一段發言被放大檢視」更意有所指表示「我只能說，辛苦了。」
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柯文哲日前在接受台視新聞專訪時，面對外界質疑指揮中心升級為一級開設，但指揮官卻沒有由更高層官員擔任，恐怕影響部會間協調，而陳時中續任指揮官是否為正確的選擇？他表示，除非是副總統陳建仁擔任指揮官，不然也不會比陳時中厲害。主持人提問，「若您自己當指揮官呢？」柯文哲說，「我去指揮也可以啊，應該也不會太差」，隨後緩頰，每個人有每個人的角度啦，台北市長有台北市長的工作，就是這樣。
不過針對「我去指揮也可以，應該也不會太差」這句話，在專訪播出後似乎被外界放大檢視。對此柯文哲則表示，「整段訪問你去聽，也沒有什麼問題。」柯文哲說，「你要拿其中一句話，出來切，再放大，我只能說辛苦了。」
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現場記者也追問，由於過去在防疫階段，柯文哲曾經疑似說溜嘴，透露過武漢包機返台民眾在台北的安置地點，引發外界關注。對此柯文哲則呼籲，希望外界還是把主要敵人設定在武漢肺炎，而不是「七分防疫、三分打柯」，「就像陳時中也會不小心講出某家醫院對不對？」柯文哲說，「我的態度是這樣子，防疫當前我們還是一致，只要中央決定，我們就是一體奉行。我有我的主張，但是只要他們一決定了，我們還是會遵守。這些都是沒有必要的紛擾，先把疫情克服過去在講。」