武漢肺炎在全球持續升溫，雖然中國官方公布的數據顯示，疫情在中國境內似乎逐步趨緩，但在其他國家仍呈現失控狀態。日本內閣官房長官菅義偉 5 日宣布，習近平的訪日行程有所調整，不排除會延到秋天後進行。
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綜合外媒報導，中國國家主席習近平，原訂 4 月將赴日進行國是訪問， 2 國原擬作為習近平訪日成果交換規劃兩國關係的「第五份政治文件」，但因武漢肺炎疫情爆發，是次訪問只得延期。菅義偉在 5 日的記者會聲稱，中日雙方一致認為，有必要最優先應對、防止新型冠狀病毒感染擴大，為了使習近平的國賓訪日能取得豐碩成果， 2 國都有必要做好充分準備。
根據
《日經新聞》報導，去年 6 月，日本首相安倍晉三在 G20 的中日領袖會談上，邀請習近平於「明年櫻花開花時，以國賓身分訪問日本」，而中國國家主席以國賓身份訪日則為 2008 年來首次。2 國政府計劃通過習近平訪日一事，彰顯兩國關係改善，給人以中日關係進入「新時代」的印象，而在中美對立的背景下，改善與日本的關係也被認為是重要課題。因此，雙方似乎都認為，待新型冠狀病毒疫情平息後再做訪問會更合適。
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目前因為新型冠狀病毒，中日 2 國都祭出不少抗疫措施，日本國內的中小學從 3 月 2 號就開始停課，而中國亦延期召開全國人民代表大會，連帶也使中日之間為了習近平訪日的事務級別磋商陷入停滯。
至於延到何時，菅義偉表示將通過外交途徑緊密協調，但有分析指出，由於天皇夫婦已排定在 4-6 月期間赴英國訪問， 7 月則有 2020 東京奧運要舉行，緊接著 8 月則有帕拉林匹克運動會（帕奧）要辦，如此一來習近平訪日的最佳時間，應該會在 9 月的秋季以後，再做安排。