因應嚴重特殊傳染性肺炎之疫情，新竹市政府考量目前疫情發展，避免相互感染，3日宣布2020新竹市城市馬拉松停辦。對於已完成報名的海內外約1萬2000多名跑者、2240名賽會志工等造成不便，深感抱歉，並於17日起進行相關退費與寄送，扣除選手專屬物品之費用後，無息退還剩餘之報名費。
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新竹市政府教育處今（12）日表示，2020新竹市城市馬拉松賽事，於農曆年前賽事籌畫進度已達九成，包括紀念衫、號碼布、大浴巾/毛巾、完賽獎牌、文創包及晶片都已製作完畢，2月3日宣布停辦，經審慎評估、停辦後續相關物資與退費事宜，將扣除相關已完成之選手專屬物品之費用後，無息退還剩餘報名費。因退款所產生之相關匯款手續費、報名系統服務費將由大會支應。
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承辦單位運動筆記實業表示，為避免人數過度密集與互動造成感染疑慮，選手相關物資採寄送方式，國內選手物資（含紀念衫、號碼布、大浴巾或毛巾、完賽獎牌、文創包）將於 2 月 17 日至 2 月 21 日陸續寄出，若 2 月 26 日仍未收到選手物資，請至包裹查詢專頁查詢。
筆記實業表示，退費登記自2月14 日 12:00至3 月10 日23:59，跑友可以上網輸入報名時之訂單編號及退款帳號等相關資訊，即可申請退費。跑友如忘記訂單編號、可上網查詢。