菲律賓政府宣布，除了持有菲律賓護照或永久居留權者外，禁止所有來自台灣的旅客入境，讓航空公司及旅行社措手不及，但為了輸運仍滯留菲律賓的旅客，華航、長榮航空、台灣虎航今（ 11 ）日仍維持台菲間航班的部分運能，後續會再與主管機關暸解後宣布；至於菲律賓航空、宿霧航空、 AirAsia 等外籍航空業者，已將台菲間航班全數取消。
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華航表示，今日台北－馬尼拉 CI701/702 、 CI703/704 航班，以及高雄－馬尼拉 CI711/712 航班皆正常執飛，但受菲律賓管制影響，台北、高雄機場僅受理持菲律賓籍及持永久居留簽證的旅客登機，其他旅客皆不受理，後續航班情況將與主管機關持續瞭解。
長榮航空說，今日上午台北－宿霧 BR281 、台北－馬尼拉 BR271 維持正常起降，下午台北－馬尼拉 BR277 則併入晚上 20:30 起飛的 BR261 飛航，僅受理持菲律賓籍及持永久居留簽證的旅客登機；明日起的航班將會視菲律賓政府最新規定及實際狀況進行調整。
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台灣虎航指出，為疏運仍滯留於菲律賓當地的旅客，今日至 2 月 14 日卡利波（長灘島）、公主港（巴拉望）及宿霧返台的航班仍正常營運，台灣出發前往菲律賓的航班則取消； 2 月 15 日至 3 月 31 日所有往返菲律賓航班全數取消。受影響旅客將直接退費至訂單中原始的付款帳戶內，退款作業約須 4 周工作天將退至發卡銀行端。
AirAsia 說明，目前已暫停台灣往返菲律賓間的航線，官網也下架台菲間的航班，實際停航時間還有待總公司開會決定，退票相關辦法之後會在官網及粉絲專頁公布。據了解，包含菲律賓航空、宿霧航空等外籍航空在內，已將航班取消至 3 月 31 日。