新型冠狀病毒肺炎疫情擴散，各國紛紛祭出停飛往返中國航班或禁止中港澳旅客入境的措施。菲律賓政府亦於 2 日宣布全面禁止中港澳外籍旅客入境，當時台灣人只要沒有中國旅遊史、備妥文件就可入境，但現在菲國政策再度出現轉彎，依據「一中原則」，將台灣旅客一併拒於門外。
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菲律賓民航局 10 日發出聲明，暫停「所有來自中港澳台及 14 天內有中港澳台旅遊史的外籍旅客入境」，同時也暫停菲律賓公民前往中港澳台。聲明內容明確指出，菲律賓總統杜特蒂 2 日為了抗疫採行的旅行禁令，其依據為「一中原則」，故台灣也在適用範圍內，航空公司應據此採取適當措施，比照中港澳處理，全面實施以下 3 點臨時禁令：
1.除了菲律賓公民及持有菲國政府頒發之永久居留權者， 直接從中國、香港、澳門、台灣赴菲的旅客，禁止入境菲律賓。
2.除了菲律賓公民及持有菲國政府頒發之永久居留權者， 14 天內曾經前往中國、香港、澳門、台灣經第三地前往菲律賓者一律不能入境。
3.菲律賓人禁止前往中國、香港、澳門、台灣。
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根據《中央社》報導，目前已傳出有台灣旅客被拒絕登機，或是人到了菲律賓才無法入境的狀況。由於菲律賓衛生部 10 日才依據世衛定義禁航中港澳台，我國外交部和菲律賓駐台機構（ MECO ）隨即澄清並無此事，但不到 1 天菲國民航局政策就以公告申述遵守一中，不只影響旅客權益，也讓台菲之間的關係增添政治角力因素。