武漢包機返台名單風波鬧得沸沸揚揚，在網路上引來大批網友撻伐，餘下台胞何時能返台也成為兩岸角力的焦點。中國大陸國台辦發言人馬曉光 6 日晚間再發出聲明，聲稱已提交 979 人名單給台灣當局，呼籲台灣方面停止政治操弄，盡快確認配合運送安排；對此台灣陸委會則回擊防疫並非兒戲，希望陸方能夠放下政治思考，儘速回歸人道立場。
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在 6 日晚間的
聲明中馬曉光聲稱，大陸方面已照台灣當局要求，透過兩岸民航聯繫渠道提交名單給台灣共 979 人，東航也依此向台灣民航機構提出 6 日、 7 日各執行 2 班， 8 日執行 1 班。但在首批湖北台胞 3 日順利回台後，後續運送安排卻不斷受到台灣當局阻撓， 1 個航班都不放行，完全置台胞的切身利益於不顧。
馬曉光又表示，陸方相關安排體現了對台胞的真誠照顧和人道關懷，絕不允許台灣某些政客造謠抹黑、無端攻擊；反觀台灣部分人士在對台胞返鄉安排的事上，充分被暴露他們無視台胞利益的惡劣本性，呼籲台灣方面應當立即停止一切政治操弄，盡快確認配合東航運送安排，為台胞返鄉提供必要條件。
對此台灣陸委會則於 7 日凌晨發表聲明反擊，澄清國台辦有關言論並非事實，也無助於雙方溝通合作。特別首批接返人員於 3 日返台後，出現 3 位發燒、 1 位確診的情形，產生防疫的破口，足見陸方宣稱之防疫作為並未落實，也造成同機人員交叉感染風險，倘因此增加更多感染者，其嚴重後果不堪想像，明顯不符合雙方商定防疫為先之共識。
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陸委會並強調，防疫絕非兒戲，滯留人員接返作業，的確存在防疫上的風險，必須採取最高安全規格的防護作為，妥慎執行，如果用已提交多少人的名單、必須於幾日之內運送完畢，這樣急就章、草率的處理方式，勢必造成疫情傳播風險遽增，形成雙方防疫上的莫大危機。此外，台灣方面早先也已告知陸方，須以於武漢短暫出差者、有慢性病患者、有長期特殊用藥與密切醫療照顧需要者（如：血友病等重大傷病），或老人、小孩等抵抗力較弱者為優先，也提交相關名單；結果上述對象多數多未在列，未能真正體現人道優先的原則。
最後陸委會也再次重申，後續接返作業，必須提升防檢疫工作的確實度，必須優先接返人道弱勢對象，必須考量我方隔離收容場所能量，經過雙方溝通商定，才能有效推動下次的接返作業。兩岸關係特殊，希望陸方能夠放下政治思考，儘速回歸人道立場，落實防疫管控風險，讓滯留人員可以順利早日回臺。