由中國大陸爆發的武漢新型冠狀病毒肺炎，台灣因兩岸密切互動而面臨防疫的嚴峻考驗，並積極爭取加入世界衛生組織（ WHO ），卻遭國台辦痛批台灣當局是「以疫謀獨」，絕不會成功。對此陸委會副主委邱垂正則回應為北京「推卸責任」，呼籲立即排除台灣參與相關組織的政治干擾。
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6 日於例行記者會上，邱垂正表示，疫情當前，防疫優先，人權與人道優於政治考量，兩岸應在協議機制下，持續透過對話合作，才是解決問題的最好方法。
此外邱垂正也強調，兩岸在協議下的通報合作「並不代表台灣就不需要參與 WHO 」，中共在 WHO 進行的政治操作傷害了台灣人民的權益，更可能造成國際防疫的破口、增加全球公衛的風險，呼籲北京應重視台灣民眾的生命、健康與安全，立即排除台灣參與 WHO 的政治干擾，我方也將積極爭取國際各方的支持。
至於疫情爆發以來，中國大陸方面提供的訊息，邱垂正則表示，內容都相當簡短，與其對外公布的內容也雷同。關於中國大陸通報次數比我方多，是因為對岸出現的病例數量比台灣還多，雙方情況不同。
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末了邱垂正再次強調，健康、安全是普世價值，兩岸在協議下的通報機制並不能代表台灣就不需要參與 WHO，聲稱北京「以疫謀獨」的說法是在推卸責任、轉移焦點，對改善兩岸關係毫無幫助，正告對岸，立即排除台灣分享 WHO 疫情資訊的政治干擾。