2月6日開始實施實名制購買口罩，民眾可持健保卡在全國6000多家健保特約藥局購買，不僅口罩數量相當有限，更發生無法登入健保系統的狀況，台南市衛生局表示，大量、同時登入系統，塞車是可預期的狀況。
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藥局老闆說，完全無法登入健保系統，這樣要如何販售？民眾也只能乾瞪眼；藥局老闆指出，成人口罩只有200片、兒童口罩50片，不僅口罩數量相當有限，現在又發生健保系統塞車的狀況，「衛生單位事先都沒測試嗎」？
▲每家藥局僅配得成人口罩200片、兒童口罩50片。（圖／記者陳聖璋攝，2020.02.06）台南市衛生局表示， 同時間、大量的登入健保系統，會發生無法登入的情形，這是可預期的狀況，再次登入即可，請民眾耐心等候，把口罩留給生病的體弱人員或分流購買。在諸多權衡之下，採實名制購買口罩是目前最適宜的處理方式，請民眾體諒。
自武漢肺炎爆發以來，隨著疫情延燒全球，全國人人瘋搶口罩，2月6日起，必須使用健保卡插卡購買，每人7天內只能購買1次，每次限購2片，2片10元。
▲許多藥局改為下午配售口罩，因此上午未見排隊人潮。（圖／記者陳聖璋攝，2020.02.06）依身分證字號（外國人以居留證號碼為主）尾數分流購買，尾數單數者（1、3、5、7、9）在週一、週三與週五購買，尾數雙數者（0、2、4、6、8）為週二、週四與週六購買，週日則皆可購買不限制。
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每家藥局每天配發200片成人口罩、50片兒童口罩；6日上午9點之後可上健保署口罩庫存查詢系統，了解附近藥局還有多少口罩數量。