第一批滯留武漢的247名台灣人已於3日晚間回台。外傳，5日將會有第二批台灣人回國，不過這樣的訊息卻三度遭陸委會駁斥，陸委會副主委邱垂正今（5）日再度澄清，此事僅單方面的訊息，未經兩岸商討及協商，希望大家不要在未經求證的情況下傳遞錯誤的訊息，由於需要更縝密的籌劃，至少在5、6兩日不會有第二批包機返台。
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邱垂正表示，關於5日將有第二批包機返台的事，僅是單方面的訊息，並未經雙方商討及協調，由於3日武漢返台的旅客當中，已有一個確診病例，政府相關部門會商後，制定三大原則，並在這三大原則下與對岸協商，持續溝通、安排滯留武漢的台灣人回台。
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三大原則包含，一、必須提升防檢疫工作的確實度，將與對岸協調如何強化防檢疫作業的執行方式；二、首批人員運送前，我方已預先告知對方，須以於武漢短暫出差者、有慢性病患者、有長期特殊用藥與密切醫療照顧需要者（如：血友病等重大傷病）或老人、小孩等抵抗力較弱者為優先，也獲對方同意；但查對3日回台的旅客，上述人員多數並未在列。故接續執行的優先旅客名冊，對岸務須與我方協商並達成一致。同時，完整旅客名冊亦需於啓航前一日交給我方，俟審查入境資格無誤後再予執行；三、有鑒於隔離收容場所容量有一定限度，接回者須隔離14天，在執行下次任務前，須做好充足準備，以確保返臺人員都能夠得到妥適的照顧。目前相關部會都在積極進行整備，務必落實完整安置與隔離工作。
邱垂正強調，政府相當關心滯留武漢國人的安全與健康，將會在兼顧國內防疫與國人權益、國內執行能量的前提下，積極依上述原則洽商協助滯留武漢國人的返臺事宜，也再次重申在今、明（6）兩天沒有加班包機回台的計畫。