首架武漢台商包機已在3日深夜抵台，傳出第二批台人預計明（5日）早集合前往武漢天河機場，搭乘包機返台。陸委會4日晚間表示，有關對岸陸續傳出武漢滯留民眾返台後續事宜，此事只是單方面的訊息，並未經雙方商討及協調，更無所謂「2月5日即要運送第二批民眾返台」之事。
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陸委會指出，由於0203武漢返台旅客當中，已有一個確診病例，政府相關部門會商後，制定接續處理原則如下：
一、 有鑒於247位返台旅客中，已有一名確診病例，因此，後續的工作推動，必須提升防檢疫工作的確實度。因此，我方將與對岸協調如何強化防檢疫作業的執行方式。
二、 首批人員運送前，我方已預先告知對方，須以於武漢短暫出差者、有慢性病患者、有長期特殊用藥與密切醫療照顧需要者（如：血友病等重大傷病），或老人、小孩等抵抗力較弱者為優先，也獲對方同意；但查對昨晚旅客，上述人員多數並未在列。故接續執行的優先旅客名冊，對岸務須與我方協商並達成一致。同時，完整旅客名冊亦需於啓航前一日交給我方，俟審查入境資格無誤後再予執行。
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三、 有鑒於隔離收容場所容量有一定限度，接回者須隔離14天，在執行下次任務前，須做好充足準備，以確保返台人員都能夠得到妥適的照顧。目前相關部會都在積極進行整備，務必落實完整安置與隔離工作。
陸委會表示，政府關心滯留武漢國人的安全與健康，將會在兼顧國內防疫與國人權益、國內執行能量的前提下，積極依上述原則洽商協助滯留武漢國人的返台事宜。