武漢肺炎疫情持續升溫，航空運輸行業也受到影響，華航已取消約 220 個兩岸行班，長榮及立榮航空 2 月也取消約 530 個航班，台灣虎航及剛開航不久的星宇航空也取消部分澳門航線，為讓旅客可以即時掌握航班資訊，航空公司也推出疫情專區，提供旅客最新消息。
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華航表示，因應新型冠狀病毒疫情，中華航空於官網設立「新型冠狀病毒資訊服務專區」，備有中、英、日三種語言版本，提供航班動態、航班取消、行動飛訊、退改票作業辦法、退票申請、班機延誤／取消證明、分公司資訊。凡透過官網購買機票，可於官網提出退票申請；透過旅行社購買之機票，則需洽原購票旅行社辦理。
此外，因教育部宣布寒假延後並調整暑假時間，長榮航空宣布，提供暑假期間已購票之出國旅客改、退票免收手續費服務，凡持有長榮／立榮航空兩岸或國際線 6 月 30 日至 7 月 15 日（含）由台灣出發的確認機位，並於 2 月 3 日（含）前開立機票者，即日起至 2 月 10 日，更改其他出發日期且與原開立機票相同之行程及訂位艙等，或是辦理退票，均免收一次手續費，使用哩程兌換之機票或是升等之機位亦比照辦理，免費票或是折扣機票則不適用。