中國大陸武漢肺炎疫情爆發，不僅中國國內多數大城市相繼淪為疫區，國外大國更陸續出現確診病例。這樣的狀況也讓外界質疑，中國大陸方面似乎有隱匿疫情，甚至在疫區傳出「防疫不力」的情況發生。對此柯文哲並未否認，更坦言「這就凸顯台灣加入WHO（世界衛生組織）的重要性。」
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台灣過去曾以中華台北的身份，在2009年至2016年期間，獲邀以任世界衛生組織觀察員的身份，參與世界衛生大會。不過2017年起，在總統蔡英文就任後，因為「不承認九二共識」一事，至今年年受到中國大陸方面的打壓，世界衛生組織沒再向台灣發函邀請以觀察員身份出席世界衛生大會。
而這次武漢肺炎疫情爆發後，傳出中國大陸方面針對罹病確診的案例數字，有隱匿的情況，再加上連武漢當地防疫措施都並未落實，才導致疫情向外擴散。針對這樣的狀況，柯文文哲今天（22日）上午受訪時，更語重心長表示「這就是為什麼台灣必須參加WHO的理由。」
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「其實台灣還是要參加WHO啦，台灣沒有理由被排除在世界的防疫體系之外。」柯文哲說，「所以老實講，中共要封殺我們什麼，說要跟他辯論啊什麼，可是在WHO你不讓我參加，就是你不對，這沒什麼好講的。」