因應總統大選，交通部航港局今（ 8 ）日宣布，為使所有旅客均能返鄉投票，將啟動海運疏運計畫，協調業者於 1 月 9 日至 12 日加派航班，於台灣本島與離島間 9 條航線及金馬小三通 4 條航線，總計開航 211 航次，可疏運 52,346 人次運能。
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航港局表示，為因應金門鄉親返鄉投票交通需求，已啟動台中－金門航線海運疏運計畫，調派「合富快輪」疏運，訂於 1 月 10 日晚上 22 時由台中港開航，航行時間 9 小時，預計 1 月 11 日上午 7 時到達金門港料羅碼頭，可協助 442 名金門鄉親返鄉投票。
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基隆－馬祖航線部分，於選局期間排定「臺馬之星」每日往返各一航次，由基隆港 22 時開航、馬祖港 9 時 30 分返航，另「臺馬輪」歲修原訂 1 月 10 日出塢，現已提早於 1 月 7 日晚上 22 時復航返回馬祖東引，以確保基馬航線不中斷；高雄澎湖航線「臺華輪」也協調業者加開澎湖馬公 3 航次，提供民眾返鄉投票。
航港局指出，針對天氣可能影響客輪航行的問題，航港局已要求業者，若遇不可抗力因素致載客船舶無法航行時，於營業處、候船室等處所張貼公告，並以網路、廣播等多媒體方式對外公布。航港局也將視海象及天候狀況適時啟動海空聯繫機制，民航局協調加派班機疏運旅客。