遠東航空由於不堪虧損，無預警宣布13日起停止營運，受影響除原本要前往金門成立聯合競選總部的國民黨總統參選人韓國瑜外，由於遠航也承包離島官兵返鄉的軍包機業務，國防部也成為受害者。
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國防部12日晚間表示，將依據當初與遠航所簽訂的合約規範，實施違約計罰作業；至於受影響官兵，國防部將協助改搭其他航空公司或軍機往返駐地。
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在解除戰地政務之前，金門、澎湖與馬祖等外島駐軍曾高達十萬人，除了空軍運輸機與海軍船艦協助疏運之外，國防部也會向民航業者包機，以「軍包機」模式助外島國軍返鄉、返回服役單位。不過目前各外島大不如前，過去人數最多的金門也只剩3000人，因此軍包機通常只是在既有的航班中，保留一定座位數給軍方。
民航機在台灣本島主要降落機場為台北松山機場、台中清泉崗機場、高雄小港機場，雖然航點較國軍運輸機少，但是因為降落地點離市區近、交通方便，且搭乘民航機比運輸機舒適，因此多數阿兵哥仍偏愛搭乘「軍包機」。