台北醫學大學附設醫院接連爆出ㄧ堆問題，今年10月才爆發醫師誤切婦人的胰臟，引發各界譁然，先前還有，健保署追查浮報健保費，被要求繳回1.2億元，如今又被周刊爆料有前網球國手，在北醫開刀後下身癱瘓，甚至還一連串引發諸多爭議。
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現任北醫董事、前董事長李祖德，過去曾任承業生醫子公司「環瑞醫」董事長，目前也還是董事，遭週刊踢爆，北醫向承業購買造價達12億的質子治療機，並租用3台、每台價值1.5億元的螺旋刀，被質疑沒有利益迴避。
甚至還被爆出北醫蓋的校友會館「君蔚樓」，根據台北市政府都發局核發的建照，君蔚樓工程造價僅約2000萬，但北醫的造價破億，被質疑貴了5、6倍，對此房產專家Sway表示，一般來說兩層樓建築造價，絕對不用破億，但要看這中間有沒有包含裝潢費用。
另外週刊也提到，這個校友樓是找了花蓮的廠商來蓋，對此Sway也說，尋求外地的廠商，這違背一般的工程慣例，正常也應該要兩三家業者報價、比價，避免成有心人士中飽私囊的漏洞。
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新北市土木技師公會理事長余烈表示，校友會館屬於一般建築，行情價大約是1建坪10萬、11萬元，若是要弄得金碧輝煌，了不起1建坪價格可拉高至12萬元，若以此棟總坪數約200坪來算，總價也約2000萬至3000萬之間，但本案最終造價卻破億元，這其中可能是大有文章。
對此台北醫藥大學不願對外多做回應，僅發表聲明強調，週刊的相關報導，未盡平衡報導，報導內容與事實諸多不符，使社會大眾產生誤解，深表遺憾，也強調不實報導導致校譽受損，也將進行法律必要的權益保護程序及措施。