經濟部日前指出，台商回流投資資金高達6900多億元，但遭到立委質疑「真正匯回台」的金額是零。為此，經濟部作出澄清表示，台商回台方案跟企業境外資金匯回專法是兩個不同方案，兩者沒有直接相關。強調台商投資台灣，不該因為企業內財務調度而被質疑。
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國民黨立委曾銘宗18日於立院財委員會中詢問經濟部，關於台商回流到底有多少是已經實際落實或多少從國外匯回。經濟次長林全能表示，今年已落實的有2250億元，但目前統計大部分都是先運用國內資金。曾銘宗聽完則說「那就等於是零」。
為此，經濟部指出，《境外資金匯回管理運用及課稅條例》是以優惠稅率吸引境外資金匯回國內，並引導資金投資產業升級。而台商回台則是用「歡迎臺商回臺投資行動方案」，是在鼓勵於中國大陸投資，且受到美中貿易衝突影響的台商，能夠回台投資。至於其資金來源，本來就沒有限定要從境外匯回，所以兩個方案沒有直接關係。
經濟部指出，只要符合受美中貿易戰衝擊業、赴中國大陸投資達2年以上，以及回台投資、擴廠具備智慧化元素或功能的企業，都可以申請台商回台方案。政府沒有限定廠商投資的資金來源，無論企業要使用境外匯回、自有資金或融資等方式，只要符合法規規範，經濟部尊重其財務調度管理。
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經濟部表示，企業自有資金平日來往兩岸甚至境外調度，在各個國家擁有資金帳戶，由何處、何國家調回資金，本就是企業金流都會做的調度。再來，轉單效應急迫，因此許多廠商多以自有資金及融資因應搶單，才能取得市場先機。「用自有資金或融資來質疑企業的投資，實在大可不必。」
另外，經濟部也提出數據，表示2019年的台商回台投資，確實是大爆發，該方案從今年1月1日開始，實行不到一年，已經累積6,971億元。再回過頭看2012年到2014年，類似的台商回台方案，兩年時間約帶動2414億元投資，而且實際投資金額約1500億元，平均一年的實際投資為750億元左右。相較之下，今年確實是投資大爆發。