總算進入了奧運，但是日本隊業餘和職業依然惡鬥不斷。雖然職業選手可以參賽，但是太平洋聯盟各隊只願意出1位選手，中央聯盟更不給面子，只出了廣島隊河野昌人和中日龍隊鈴木郁洋，擺明就是不願意提供更好的選手。歐力士隊明星選手鈴木一朗更辛辣，對於奧運他只說了「完全沒興趣」，讓這次日本隊組隊雪上加霜。
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到了雪梨後更慘，參加過很多次國際賽的業餘選手大多都住在奧運的選手村；但是職業選手卻養尊處優的住在大飯店裡面，業餘和職業選手只有在比賽時才碰到面。默契的培養，加上士氣的低落，讓本屆奧運日本隊還沒開打就蒙上一層陰影。
不過本屆奧運日本隊依舊很有看頭，比起上一屆，本屆近鐵隊的主砲中村紀洋、火腿隊主力內野手田中幸雄、歐力士外野手田口壯和羅德王牌投手黑木知宏都有參賽。
▲2000年雪梨奧運日本代表隊中村紀洋和黑木知宏。（圖／截自推特）預賽首戰美國，日本隊就落漆了，先是延長賽輸球。接著一路4連勝後，對到宿敵韓國隊卻以1分落敗。最關鍵的4強對到古巴，居然以0：3輸球。銅牌戰祭出王牌投手松坂大輔，卻被李承燁敲出逆轉彈，讓日本隊甚麼也沒撈著。這也是日本隊繼1992年奧運以來又一次沒有在棒球項目拿到獎牌，堪稱日本棒球國恥。
如此臨時組隊在國際賽場上，日本隊被各國打得毫無招架之力。因此「全日本野球會議」這個統括全日本棒球的組織決定，在2004年的雅典奧運要派出全職業的球隊。
▲2000年雪梨奧運慘敗的日本隊。（圖／截自推特）接著2001年的世界盃棒球，日本再度組成職業和業餘混合部隊試水溫，雖然這次職業球團各隊各派1名選手參賽，不過龍頭讀賣巨人還很夠意思，除了捕手阿部慎之助以外，更是派出當時日職人氣王子高橋由伸幫助他的恩師，時任日本隊監督的慶應大學監督後藤壽彥。
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不過日本隊輸掉冠軍模式大概每屆都差不多，預賽一開始所向披靡，到了關鍵比賽日本居然又以低比分輸給古巴。季軍戰對台灣更是慘遭當時還在1A的陳金鋒、以及當時還名不見經傳的張誌家2人聯手，日本只落得第4名收場。2002年的亞運和洲際盃，日本依舊用這種業餘和職業混合組隊的思維，但全部都是慘敗收場，洲際盃甚至還只得第5名。
▲2003年亞錦賽日本隊監督長嶋茂雄。（圖／截自推特）這幾次的失敗讓全日本野球會議認知到一個事實，全職業的選手還是得讓全職業的教練團來領導。因此後藤壽彥下台，2003年關乎到雅典奧運資格的亞洲棒球錦標賽，請出讀賣巨人軍的名譽監督長島茂雄。長島茂雄不僅僅是職棒隊的監督，更是日本當時的國民棒球英雄。