受到世界衛生組織延遲公布疫苗選株結果影響，今年公費流感疫苗創下史上最晚開打紀錄，不少民眾寧可自掏腰包，也要提前自費施打流感疫苗，還引發部分家長質疑公費疫苗打了比較容易出現副作用的爭議。對此，疾管署出面闢謠，強調無論是公費或自費疫苗，每批疫苗檢驗審查程序皆一致，國內今年提供的公費疫苗是四價疫苗，與自費疫苗一樣，保護力並沒有差異。
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另外往年幼兒都是在第一階段的接種對象，不少民眾擔憂學齡前幼兒，如果要等12月8日開打會打不到，疾管署副署長羅一鈞強調，疾管署已請各縣市政府衛生局對每階段疫苗數量控管，特別是6個月以上至3歲以下幼兒賽諾菲疫苗，確保各類公費對象接種權益不受影響。
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另外根據疾管署監測資料顯示，國內流感疫情趨緩，近期門急診類流感就診人次，已經連續5週呈現下降的趨勢，上週（10月20日到10月27日）共計13起流感群聚，主要以校園群聚為主。
▲2019年自費市場四價流感疫苗供貨預估。（圖／疾管署提供）疾管署強調，冬季流感疫情預期比往年晚開始，可能在明年1月進入流行期，民眾依流感疫苗開打時程儘速接種，還是可以在農曆春節前後疫情達高峰以前，獲得足夠保護力。