交通部近期規劃要讓高鐵延伸宜蘭，使南港到宜蘭市行駛時間縮短至13分鐘，不過由於路線仍與過去的北宜直鐵一樣行經翡翠水庫集水區，引起環團質疑。台灣水資源保育聯盟主任粘麗玉就說，高鐵規劃前相關評估都未做完全，如果真的開發後對大台北用水造成影響，之後再來亡羊補牢已經來不及。
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針對高鐵東延計畫，台北翡翠水庫管理局23日表示，為避免重蹈國道五號工程造成翡翠水庫每日20萬人用水量的永久損失、長達19年的水質黑暗期以及增加2.4倍水庫淤積量之危機，北宜高鐵路線應避開翡翠水庫集水區。
翡管處指出，鑒於目前中央推動板新供水改善二期工程將於今年底完工，屆時翡翠水庫支援新北市板新地區每日最大水量將由目前72萬噸增加至100.5萬噸，供水人口將由500萬人增加至600萬人，超過台灣地區四分之一人口；再加上，面對極端氣候，短延時強降雨的降雨型態將更趨於常態，尤其新店溪上游南勢溪於2015年受到蘇迪勒颱風重創的經驗，更顯示翡翠水庫水源保護極為重要。
翡管處強調，為守護大台北600萬人飲用水安全，避免翡翠水庫集水區遭受破壞，希望北宜高鐵路線規劃避開翡翠水庫集水區。
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另一方面，環團普遍也反對高鐵東延計畫。粘麗玉說，高鐵的建設與過去台鐵不同，東延路線還經過9個斷層與礦坑崩塌區，整體對環境、生態、地下水以及翡翠水庫集水區的影響都尚未評估，就喊出要東延到宜蘭，如果事後真的對大台北地區用水產生影響，此時亡羊補牢已經來不及。
看守台灣協會秘書長謝和霖也說，台北到宜蘭事實上目前交通已經算便捷，如果為了這幾十分分鐘的車程，又花費一千多億公帑來破壞環境，倒不如把這些錢拿來建設宜蘭在地交通。