哈吉貝颱風重創日本部分地區，大量河川潰堤、土石流頻傳，《 NHK 》報導稱，目前已知至少 74 人死亡、 12 人失蹤、 221 人受傷。其中遇難人數以福島縣的 27 人最多，其次則是神奈川和宮城縣 14 人，其餘罹難者則散布於栃木縣、群馬縣、長野縣、埼玉縣、岩手縣、茨城縣、靜岡縣和千葉縣。
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綜合媒體報導，哈吉貝帶來的致災性大雨，導致日本境內 52 條河川、73 處堤防被大水沖毀；至少發生 170 件土石流。超過 1 萬 3 千棟房屋淹水，逾 1000 棟住宅全毀、半毀或部分損壞，還有約 12 萬 8 千戶人家處於斷水狀態。災情慘重的宮城縣丸森町，因洪水導致公路塌陷，部分村落陷入孤立無援狀態，實際災情仍難以全面估計。
日本首相安倍晉三， 15 日在災害防救會議上表示，日本政府將動用 5000 億日圓（約台幣 1400 億）的預備金重建，若有必要，不排除再追加預算。但當局也相當擔心，颱風對日本供應鏈造成的衝擊和經濟影響，恐怕還會持續一段時間。
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交通部分，雖然大致已於 15 日陸續恢復正常，但被水淹車廂的北陸新幹線，其東京到金澤全線復駛還需約 1-2 週。目前連日本自衛隊後備人員也陸續加入救災，為 2011 年東日本大地震後首次。