在行政院長蘇貞昌指示下，財政部擬廢修改印花稅法，卻引發縣市首長擔憂將衝擊地方財政，財政部則在臉書發文向縣市長們喊話：「廢除印花稅請免操煩」，印花稅法如果經立法院審議通過廢止，將由中央編列預算補足地方稅損，還透過4張圖，要讓民眾知道廢除印花稅爭議何在。
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因應工商企業界的要求，行政院長蘇貞昌指示在財政有餘裕且不影響財政紀律下，朝取消方向研議，但因印花稅為各地方政府重要財源，每年平均稅收百億元，也因此引發縣市首長反彈，台北市政府就表達強烈反對，表示去年全國印花稅收入約121億元，台北市占49億元，行政院說廢就廢勢必衝擊地方財政，台北市長柯文哲更酸說選舉快到了，為了選票，大家都要當聖誕老人。
新北市長侯友宜也表示，新北市的印花稅收約有10.8億元，是重要的地方財源，中央雖說會用其他的財源補足，但市府憂心只是挖東牆補西牆，將本來就要給新北的經費換個名義再給，對新北財政完全沒有助益。
高雄市長韓國瑜亦指出，依據財政局預估今年的印花稅收大約10億元，高雄市財政負債第一名，若沒了這筆稅收，對市府財政是雪上加霜，期盼行政院要特別針對財政較困難的縣市提出解決方案，不然高雄市的財政真的會後繼無力。
面於各縣市首長的擔憂，財政部則在臉書發文向縣市長們喊話：「廢印花稅請免操煩」，印花稅法如果經立法院審議廢止，將由中央編列預算補足地方稅損。財政部還表示，旅行可以說走就走，但是印花稅不是說廢就廢，財政部承諾，謹守財政紀律，不衝擊地方財政，但時代在變，稅制該進步，財政健全也必須兼顧，
對於廢止印花稅的爭議，財政部也透過4張圖讓民眾了解。財政部表示，元老級印花稅廢除爭議很久了，印花稅法是在1985制定新制營業稅，將附隨營業發票課徵的印花稅納入營業稅課徵，並規畫長期視稅收情況適時廢止印花稅。2002年行政院財政改革委員會建請廢止印花稅，並以調高營業稅率來彌補地方財源。2009年行政院賦稅改革委員會建議改良印花稅，並以綠色稅制改革來充裕地方稅收。
財政部也說明，廢印花稅主要有2大考量，第一是重複課稅疑慮，交易憑證常涉及多種行為，包含買賣、承攬、讓受及分割不動產等，使得印花稅與營業稅、土地增值稅、契稅有重複課稅之虞；第二則是課徵項目爭議，印花稅的課徵項目以憑證性質認定，但實務卡，經濟事項涉及憑證種類及態樣多，容易造成徵納雙方認定爭議。
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財政部強調，印花稅不是說廢就廢，依法要彌補稅損。根據財政收支劃分法第12條第1項規定，印花稅屬100%直轄市及縣（市）政府收入；另依財政收支劃分法第38條之1及財政紀律法第5條規定，各級政府、立法機關制（訂）定或修正法律或自治法規，有減少歲入者，應同時籌妥替代財源，具體指明彌補資金之來源。
為避免影響地方施政，財政部強調會在兼顧財政餘裕及財政紀律情形下，配合法制作業時程，擬具廢止「印花稅法」說明，報請行政院核轉立法院審議，並洽商行政院主計總處籌劃地方稅收損失替代財源以為因應。