捷運作為台北市主要的大眾運輸工具之一，一直以來的大眾印象都是環保、節能減碳以及降低空氣汙染等。但近期根據環保署與國衛院國家環境醫學研究，民眾夏季搭乘捷運所暴露的PM2.5濃度，是環保署測站基準的1.68 倍，是捷運、公車、汽車、機車、步行及腳踏車等6種不同通勤型態之首。
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研究指出，2017年度進行捷運、公車、汽車、機車、步行及腳踏車等 6 種不同通勤型態暴露特性觀測，以環保署測站濃度為基準，夏季捷運暴露濃度為大氣環境的1.68 倍，其次是機車的1.4 倍，腳踏車為1.37 倍，步行為1.36 倍，公車為 1.02 倍，汽車則為大氣環境的0.29 倍；冬季捷運暴露濃度為環保署測站濃度的1.4 倍，其次是機車1.18 倍，腳踏車為0.88 倍，步行為1.06 倍，公車為0.8 倍，汽車為0.16 倍。
國家環境醫學研究所副研究員陳裕政表示，過去國際上也有做過類似的研究，捷運位於台北市道路結構的底層，當捷運列車從外頭進入捷運站後，會連帶將髒空氣帶入地下，因此月台的PM2.5濃度會較高，其中濃度最高的點就位在列車進入月台的最前端。
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不過，陳裕政也表示，這個研究結果是針對某個特地地點與時間的數據，是列車進出月台的一個瞬間值；但詳細通勤時所接受到PM2.5濃度，還是要視民眾使用交通工具的長短、距離以及背後的空氣品質等因素。
陳裕政舉例，民眾如果從台北車站搭車到淡水，雖然在捷運暴露PM2.5的濃度最高，但事實上通勤時間較公車、開車或騎車短，因此濃度乘於時間後所得到的數據，反而還是較低的。