台北市長柯文哲，趁著週末假日，南下到參拜雲林斗南新厝寮六房媽紅壇。接受現場媒體訪問時，被問到前一天（27日）總統蔡英文親自召開記者會，針對私菸案第三度上火線說明，更對此向國人們致歉。對此柯文哲則回應，相關單位透過職務之便超買並挾帶免稅菸一事，已經積習已久，「這就是歷史共業風行草偃，文化改造不是一天可以處理，你三年來都不處理，現在才要處理，怎麼辦都很慘。」
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柯文哲說，由於這次的挾帶私菸數量實在太大，「可以買一萬條菸的人，後面的人一牽連下去，這一萬條香菸你真的要大屠殺，我看你國安局跟侍衛室的人，一半的人都不見了」柯文哲說，這是積習已久所導致，「平常都不處理，這已經存在好幾年，大家就得寸進尺，每一個總統上任都300條，沒事就一直試，就變一萬條。」「你三年來都不處理，現在才要處理，怎麼辦都很慘。」
而柯文哲話匣子一開，針對各大國營事業，高層職位都遭到民進黨各派系把持的現象，柯文哲也相當不滿。「這有時候話不想公開講，你旁邊站的那些人，搶國營事業已經肆無忌憚，這是今天才造成的嗎？」柯文哲說，蔡英文上任後兩三年當中，民進黨已經"蹭"國家蹭到不像話，「你總統都沒說話，這只是冰山一角，我覺得是辦不下去。」