總統出入境禮遇淪為國安特勤人士走私菸品管道，24日總統府證實，5輛用來運菸的車輛，派車單位是總統府，外界紛把矛頭指向總統府祕書長陳菊，甚至傳出陳菊辦公室也參與「團購」，今（25）日陳菊嚴正駁斥。而這次華航配合國安局運菸，藍營指出不少華航高層，都是民進黨人士，應該為此下台，總統蔡英文也做出回應。
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在24日，特勤宿舍遭搜查，媒體問蔡，特勤宿舍是否淪為「菸品發貨中心」？蔡英文說「言之太過，我下令了，各單位配合司法調查，昨天有檢察官到特勤職務宿舍取資料」。
府方證實，5輛運菸用的車，是總統府派出，主管總統府大小事的陳菊也遭質疑，國民黨立委曾銘宗更指，陳菊辦公室也參與團購免稅菸，蔡英文回應「派車是侍衛室統一調度，總統府、國安局、侍衛室的車輛，總統專機到了，大家下飛機回台北，車輛需求大，統一調度，至於對陳秘書長辦公室指控，她澄清了，這件事嚴正以對，長期的事情查清楚，將來不要發生，在野黨也不要旁生枝節含沙射影」。
媒體追問蔡英文，維安單位自她上任後狀況不斷，婚外情、酗酒、用禁藥再加上此次走私菸品，是否有單位間指揮不動的情況，蔡英文幫特勤人員緩頰「我們特勤雖然過去有些需要被檢討的事情，但整體他們是訓練很好的一群專業人員，我下給新國安局長 ，我們特勤人員管理、紀律問題通盤了解，一周內提報告給我」。
此次運菸，華航高層配合國安單位，國民黨台北市議員徐弘庭指出，華航高層許多民進黨人士，主導專機任務、是曾任邱義仁機要的資深副總羅雅美，負責免稅品的空品部副總邱彰信，是立委邱議瑩的弟弟，存放免稅菸的華膳空廚董事長是葉菊蘭，主持專機會議的董事長兼總經理謝世謙，媒體問蔡英文是否會檢討華航人事？蔡回「這個人事跟事件沒有必然關係，我們聚焦事件前因後果調查」。
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國安局運菸已是長久陋習，到馬英九時代都有紀錄，記者問蔡英文如何清查，蔡說「至少要讓社會大眾了解問題所在」。