國安局爆發運私菸案，總統蔡英文今（25）日表示，這事件顯示出國家管理體制、執法單位鬆散，讓她難以接受，她要求相關單位配合司法機關調查，也交代新任局長邱國正整頓特勤體系，一個禮拜內提完整報告，此外，蔡英文強調，此次出訪成果豐碩卻因運菸案蒙塵，她表示第一線外交人員工作辛苦，呼籲國人給予他們肯定。
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總統蔡英文今日出席亞洲生技大會開幕典禮，在參觀完攤位後接受媒體訪問，但慣例都是由記者提問讓她回答，這次蔡主動先發表對運菸案的看法。
「這個事件顯示出長期累積的陋習，我們看到國家體制、管理機制跟執法鬆散，我難以接受」，蔡英文表示，她已下令所有單位配合司法機關調查，在第一時間已經做內部檢討、人事調整，新任的國安局長邱國正歷練完整、治軍嚴謹，蔡希望邱能藉此機會整頓國安體系沉痾，並指示他一周內提出檢討報告。
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此外，蔡英文強調，這次出訪為期12天，是歷來出訪最長的一次，成果相當豐碩，第一線外交人員十分辛苦，卻遭運菸案讓失焦，她也向外交人員表達歉意，「我們外交同仁確實努力，他們也表現得非常好，希望社會給予肯定」。