遠東航空 18 日無預警取消巴拉望、峴港、長灘島等國際航線，不少旅客滯留海外無法回台，遠航第一時間宣布會簽轉旅客回台，不過多家旅行社今（ 23 ）日出面控訴，從頭到尾都是業者自行處理，遠航並沒有為此付任何一毛錢，恐還有旅行社因賠償金額過大倒閉，要求遠航儘速出面負責，並呼籲行政院及交通部應比照國外內旅遊定型化契約，若航空公司取消行程要賠償旅行社費用。
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台灣海峽兩岸旅行交流協會理事長姚大光表示，觀光局對旅行社的有相當多規範，但民航局對航空公司卻沒有比照辦理，因此呼籲行政院責成交通部，要求航空公司和旅行社之間也要簽訂履約保險，並比照國外旅遊定型化契約，若航空公司出發當日或開始後違約須賠償全額的旅遊費用、出發前 24 小時賠償 50% 旅遊費用。
旅行商業公會全聯會前理事長許禓哲表示，民航局規定遠航MD機型飛行時數上限為 1,350 個小時，航空公司每月都要將飛航班表報給民航局，所以民航局早就知道遠航超時飛行，這根本是失職、失能。現在遠航無預警停飛，長榮也即面臨罷工危機，這些都是由消費者和旅行社承擔。
柬威旅行社總經理王采紅指控，就她所知，都是旅行社先代墊旅客簽轉回台的費用，遠東航空並沒有支付任何一毛錢的賠償。遠航說會協助協助安排旅客回台，但這些都是旅行社處理，賠償金額之大，很快就有幾家旅行社倒閉。
台北市旅行商業同業公會副理事長吳雁輝指出，遠航停飛第一時間，工會就召集近 20 人開緊急會議。因遠航的國際航線都是業者包機，只能先請當地旅遊局協助，看有沒有航空公司可以接駁，這些費用都是業者先付款，這樣下來還比原本包機還貴。
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吳雁輝說明，以遠東航空為例，都是由一兩家旅行社包機，再與中下游旅行社簽約，並販售團體行程，這些旅行社確實沒在跟遠航存在合約關係，
遠東航空回應，自 6 月起航班一切正常， 5 月航班取消部份已與直接合作之旅行社協調航班取消後續相關處理辦法，非直接合作旅行社如有任何問題請與其上游旅行社洽詢。合作旅行社如有提出相關完整之單據，遠東航空會於第一時間協調及處理。