針對遠東航空臨時取消部分航班，交通部民用航空局表示 17 日與 18 日已兩度要求遠航，應妥善處理旅客權益相關問題，否則將依民航法重罰 60 至 300 萬元。由於遠航已不止一次突然取消航班，為維護旅客權益，民航局未來將更嚴格審核遠航班表。
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民航局表示，遠航本月 17 日突然公告取消部分航班後，民航局第一時間即嚴肅要求遠航，應儘速通知受影響旅客，對滯留在外旅客亦應儘速安排回臺之替代行程，並依「民航法」及「民用航空乘客與航空器運送人運送糾紛調處辦法」妥處旅客權益事宜，旅客如因航班取消或延誤而有損害，遠航應適當補償，民航局也會嚴格監督遠航是否落實。
根據遠航提報資料，目前受影響旅客中，峴港回程483位旅客，均已透過轉乘高雄航班或他航航班處理。長灘島/巴拉望回程也已安排虎航及他航班機。至於零星散客，遠航將請當地地勤代理協助簽轉。
民航局重申，民航局自前年三月起針對遠航採取飛時管制措施，完全基於飛安考量，在每月管制範圍內的機隊調度，由遠航自行調整，並定期根據遠航飛機狀況與維修能量滾動檢討管制上限。
民航局表示，民航局並未突然限制遠航飛時。遠航四月間提報五月份班表時，民航局即已提醒遠航，班表如此安排可能會超出管制時數，並要求遠航調整航班。
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針對遠航 18 日所發表的聲明，直指主管機關控管飛時導致遠航取消航班，民航局對此卸責內容不予評論，要求遠航立即撤回該聲明。民航局也將立即清查遠航班表，如有惡意隱瞞超排情況，導致飛時超時而損害旅客權益，民航局將立即開罰。
民航局強調，旅客權益非常重要，但安全是所有服務的根本，對遠航採取的飛時控管，完全是飛安考量，現階段除督促遠航妥善維護旅客權益，未來仍會持續嚴格監督遠航飛安。