為了擔心國民黨立委所提的自經區草案危害台灣農業，農委會主委陳吉仲多次在臉書上開炮，表示此條文若通過，將摧毀台灣農業，也因此多次與國民黨立委槓上。而今（15）日藍委曾銘宗則砲轟，認為過去所開放的自貿港區就已經允許簡易加工，也沒有衝擊台灣農業。
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曾銘宗認為，農委會處處阻擋自經區，認為會讓中國大陸管制農產進口，並進入加工體系，造成農業衝擊，但他也提到，過去通過的自由貿易港區設置管理條例中就已經允許中國936像農產品進入港區，且允許簡易加工，要陳吉仲對抹黑自經區道歉。
但根據自由貿易港區設置管理條例，簡易加工指得是簡易對儲存貨物從事下列行為，包含 檢驗、測試、整補修理或加貼標籤、依性質、形狀、大小、顏色等特徵區分等級或類別、切割、利用人力或簡單工具組合、重行改裝或另加包裝。
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曾銘宗也說，在自貿港區開放後，過去一年來也沒有中國大陸的農產進入，並未造成農業損害。對於曾銘宗的詢問，陳吉仲也表示，雖然自貿港區能允許簡易加工，但目前台灣農產進入加工體系有37%，而這些農產多是採取深度加工，像是花生做成花生醬等等。
曾銘宗也抨擊，台灣加入跨太平洋夥伴協定（TPP）就不害怕，但要設立自經區就一直阻擋。陳吉仲也回應，TPP是能跟其他11個會員國進行溝通，討論互相進出口的採購，也絕對沒有降到零關稅。