針對前總統馬英九批評民進黨政府反對自經區，是因為反對中國大陸一事，總統蔡英文今（12）日受訪時表示，自經區是比較不符合現在的需求，現在要的是強化台灣整體競爭力，讓產業進入另一個階段，而不是停留在加工、出口的情況。
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蔡英文指出，很多人提自經區是著眼於中國大陸的貨品，能夠在這裡加工以後再出口，這確實也是讓她最擔心的地方，中國貨品透過自經區以後就轉換成台灣貨品，造成台灣貨與中國貨在國際市場上混淆，她深怕會影響到台灣製造的品牌形象。
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蔡英文說，美中貿易衝突，美國對中國貨品施加懲罰性關稅，如果透過台灣自經區再轉出，勢必影響台灣貨品銷美，因此必須防止台灣貨被中國貨混淆，而受到這樣的懲罰。
至於台北市長柯文哲日前批評蔡英文的外交策略是「親美抗中」。蔡英文表示，柯文哲的講法不盡確實也過度簡化，她的政策是保衛台灣的主權，保衛台灣民主自由生活方式，在兩岸維持台海的和平穩定，在區域要做區域和平穩定的貢獻者。