民進黨總統初選引發新系派系紛爭，新系大老林濁水力挺賴清德，而另一位女性新系大老陳菊則力挺總統蔡英文。林濁水今（9）日批評陳菊是蔡英文的私人秘書，陳菊也回擊指出，秘書長陳菊是由總統任命的幕僚長，依法行使職權，對於林濁水的不實指控深感遺憾。
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前行政院長賴清德日前被拍到使用台南市政府台北辦公室，遭外界質疑公器私用。遭批公器私用，不過蔡英文也遭人質疑假公濟私，以總統職務之便行總統選舉之實。
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林濁水表示，問及蔡陣營是否也會使用公家資源打初選時，蔡英文總統初選競辦公室表示，「這個部分，總統倒是分得很清楚」。不過林濁水卻說，好説好說！還指陳菊力挺蔡英文不遺餘力，是頭號戰將，動輒發飈，發言不只多，還經常出口很嚇人，「原來陳菊是總統私人秘書，領的薪水是總統私人腰包掏出來的」。
對於同派系同志批評陳菊是蔡總統私人秘書一事，陳菊辦公室表示，陳菊秘書長是由總統任命的幕僚長，依法行使職權，輔佐蔡總統推動政務，對林濁水的不實指控深感遺憾。