近期國民黨力推自經區草案，也引發許多褒貶不一的論述，今（6）日晚間，農委會主委陳吉仲親上火線開直播談自由經濟貿易區草案，他表示，此草案會讓中國大陸目前管制的農產品得以入台，而未管制的品項也能用零關稅的方式進入，若成真，將會摧毀台灣農業。
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陳吉仲表示，前總統馬英九執政時期，就曾經提出自由經濟示範區，與此次提出的自由經濟貿易區大同小，對於農業部門的影響也是，其中，裡面的33、38、42條將會嚴重衝擊台灣農業。
其中，草案三十八條中提到，「經許可為第一類示範事業自國外輸入示範區內供營運之貨物及自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費」、而三十三條則提到，「外國營利事業自行申設或委託第一類示範事業於示範區內從事貨物儲存或簡易加工，並將該外國營利事業之貨物交付國內、外客戶完成銷售者，其所得免徵營利事業所得稅」
陳吉仲說明，免徵關稅與營業稅是十分重要的問題，免徵關稅就代表國外，尤其是中國大陸的品項將更大規模的輸入台灣，而對於先前管制的830項農產品，也能輸入台灣，若是通過，國外的農產品將大舉進入台灣，由於成本低廉，加工業者一定會優先使用國外的農產，絕對會衝擊農業部門。
而自經區若設立，也會衝擊其他的區域，陳吉仲提到，從自經區出口到國外的貨物，全部都免徵營利事業所得稅，且進口農產還能享有零關稅，「加工業者怎麼會留在保稅區？」
接下來，陳吉仲也說，國外進口的農產品，像是中國農產，若是進到台灣的加工體系中，就算援例都是中國來的，也能全部都掛「MIT」，久而久之，國外的消費大眾會不會就把台灣產品與中國產品劃上等號？
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台灣農產每年的產值大約有5400多億元，其中進入加工體系的就有2017億元，貢獻整體食品加工業6096億元的產值，且有將近13%是出口產值。他也提出實際案例說明，表示目前國內花生有七成都進入加工體系，能做成花生糖、花生油等等，這些都能用中國原料但打著台灣製的名號外銷。
最後陳吉仲表示，若是自經區通過，將來食品加工業的原料將從國內轉為國外，將嚴重衝擊台灣的農產銷售，經過估算，大約一年有759億會被取代，這些農業部門可承受嗎？他認為，自經區將摧毀台灣農業、台灣的MIT品牌、也會帶來更多食安問題。陳吉仲也呼籲，政治人物不要打著經濟發展的口號來行所得重分配，農業部門會反對到底。