教育部長葉俊榮日前宣布「 勉予同意」管中閔就任台大校長，並要求台大 3 個月內提出校長遴選爭議檢討報告書，隔日就遭行政院長賴清德約見，而後提出請辭獲准，成為第三名因「卡管案」而下台的教育部長。對此，總統蔡英文 26 日首度發聲，表示「我跟賴院長都相當錯愕」。
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蔡英文 26 日晚間在臉書發文表示，處理台大校長的遴選爭議當然是教育部權責，但教育部長僅在記者會前一小時才透過簡訊告知她結果，也未遵照行政院長賴清德的指示向總統報告，就逕自宣布決策，讓他和賴清德都相當錯愕，也讓許多國人感到不解、難以接受。
葉俊榮於本月25日結束為期163天的教育部長任期。（圖/NOWnews資料照）蔡英文指出，台大校長遴選案之所以引發高度爭議，關鍵在台大校方和遴選委員會在過程中的種種瑕疵。她認為，台大是台灣最高學府，理應面對社會最高標準的檢驗，且監察院也就本案提出糾正，但顯然台大校方和遴選委員會都置若罔聞。
蔡英文表示，面對大學自治，即使身為總統，對校長人選也沒有置喙的餘地，但她也期待，大學自治應該對程序正義有所堅持。
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蔡英文強調，無論是台大校長遴選爭議，或是教育部長的決策，都沒有所謂「總統默許」的問題，這樣的操作無助於解決問題。最後，她也提到，政府在處理台大校長遴選爭議的過程中，的確遭遇許多困難，像是現行制度不周全，如果沒有校方積極配合，容易落入無止盡的僵局，政府對此也會深切反省檢討，虛心接受各界批評。
▲「卡管案」大轉彎，管中閔確定元月 8 日任台大校長。（圖／記者許維寧攝） ▲蔡英文臉書全文。（圖／翻攝自蔡英文臉書, 2018.12.26）