駐日代表謝長廷昨（12）日與駐日台灣媒體茶敘時，談到此次九合一大選的公投結果，顯示未來仍繼續禁止日本五縣食品進口，他表示日本方面原本期待解禁，但這樣的公投結果，讓日方質疑「檢驗有何意義？」謝長廷說，現在能做的就是盡力溝通，不希望因此影響台日關係。
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綜合媒體報導，本月 12 日謝長廷與駐日台灣媒體茶敘時，再度提到此次有關日食公投的後續影響；他表示，公投過後有許多文章都發表了看法，除了少部分幸災樂禍，或者蓄意希望台日關係變壞的言論之外，大部分都是抱持著憂心的看法。
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▲日本外相河野太郎 7 日表示台灣管制日本食品進口一事導致無法參加 CPTPP。7 日晚間在宣傳福島重建現況的晚宴上，他稱讚福島食品好吃、具安全性。中央社記者楊明珠東京攝 107 年 12 月 7 日謝長廷指出：「尤其最近中國大陸開放新潟的稻米進口、香港又解除管制，變成台灣最嚴格，這和日本的期待有落差。」他提到，在台灣舉行公投之前，日本內閣官房長官曾說「台灣有資格加入 CPTPP，台灣的自由貿易度高，各種條件符合 CPTPP 高水準的要求。」然而在公投過後，日本外相河野太郎卻公開表示：「不排除向 WTO 對台灣提訴，如果因此台灣無法加入 CPTPP，則會令人很遺憾！」
報導指出，若是日本方面真的向 WTO 控告台灣，結果會如何呢？謝長廷透露，有一位 WTO 專家提出分析看法，認為「台灣會輸！」謝長廷說道，若台灣輸了，就是違背 WTO 的規則，「如果以後有什麼案子對台灣不利，希望人家挺我們就會比較困難了...」