針對國民黨台南市長候選人高思博指出，8月水患受災戶補助款加碼提高，來源可疑，有花錢收買民心的跡象，且在選前最後幾天釋出這樣的利多，不算光明正大。台南市政府回應，請高思博要多用點心，這是在824超大豪雨之後，9月14日就決議的輔助措施，不只台南，要批評之前請多認真一點，不是昨天才決定，對台南市民有益的事，請多用點心。
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南市府表示，高思博所指的淹水加碼補助，其實是「財團法人賑災基金會」9月14日董事會決議，特別比照莫拉克救助模式，針對0823熱帶低壓水災淹水50公分以上受災戶擴大急難救助方案，每戶再發給新台幣2萬元。賑災基金會並非只有補助台南受災戶，0823淹水受災縣市皆是補助對象。
高思博另外還抨擊，身為選委會主委的台南市代理市長李孟諺，連續三天帶著民進黨台南市長候選人黃偉哲在市政府開記者會，質疑球員兼裁判，拿人民納稅錢為黃偉哲輔選，市府帶頭違法。台南市政府表示，各大重要活動皆是公開行程，如有現任或非現任民意代表候選人前來參加，市府皆表示歡迎，歷來類似活動也都會有各級民代主動參加，市府抱持不分黨派，歡迎大家參加的立場。
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南市府強調，會提醒現任或非現任民意代表候選人出席市府公開活動時，避免穿戴競選相關的服飾，以及相關的造勢、拜票行為。事實上，高思博也曾參加市府公開活動，國民黨籍民意代表也多次參加市府的公開活動，因此，黃偉哲以現任立委身份主動參加市府記者會，並無不妥。
高思博陣營批黃偉哲連續三天利用台南市政府資源舉辦記者會，將市政建設列為個人政見，南市府說，有關將市政建設列為個人政見，市府歡迎各政黨候選人參考現行的市府政策，市政是延續的，市府樂見優質的政策延續，這也是對市府團隊的肯定。