台灣社社長張葉森、台大教授賀德芬等人於本日（8）稍早赴教育部前抗議，指控台北市長柯文哲博士論文22至23頁之內容有「加工死亡」嫌疑，涉嫌違反醫學與學術倫理，要求教育部調查並撤銷柯文哲博士論文及其資格，教育部則由高教司出面接下檢舉函。
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博仁醫院心臟外科主任蘇上豪指出，柯文哲2002年6月之博士論文22至23頁中所提到「無心跳器捐者」，無心跳器捐條件有三項，分別為病人自行死亡、不可加工打藥，不可加工摘取器官。
無心跳是等病人自行斷氣才進行器捐，柯文哲卻於過程中施打藥物pavulon，病人在未腦死、心跳仍然存在時被注射靜脈藥劑，其目的是讓「病人心跳停止後，錄下心電圖，取得心跳停止之書面證明。」是加工死亡。
另外，柯文哲論文中提及葉克膜灌流過程，「打入34.5c.c.空氣以膨脹氣球，阻斷胸主動脈」也遭獨派團體指稱是「加工死亡」另一個證據。
蘇上豪表示，柯文哲違反兩大原則，一是違反醫學倫理，再者是研究倫理。柯文哲論文中提到葉克膜強摘器官共有26例，台大至今默不做聲、有種種推辭不願公開犯罪證據。九年前，台大葉克膜一套50萬，柯的博士論文中若以最低例數計算，九例就有450萬，但論文中並未提到資金來源，是違反研究倫理。
台大教授賀德芬則表示，從台大校長遴選案再到近期的康寧大學事件，教育部近期可說是風波不斷，呼籲教育部應該嚴辦柯文哲博士論文爭議。
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教育部則由高教司專門委員王淑娟出面接下檢舉函，王淑娟表示，教育部輔接到通知，按照受理程序，若是學位論文爭議、學術倫理查處，學校會先找專家群釐清事情真相、做實質審查，證據充足後交由權責單位對調查結果做討論，再決定是否撤銷或修正，原則上有四到六個月處理期限。
教育部高教司專門委員王淑娟（右）接過獨派團體檢舉函。（圖／記者許維寧攝）