無黨籍台南市長候選人蘇煥智指出，台南鐵路地下化計畫將造成市政府負債累累，且將造成嚴重城市危機，他提出原軌雙層高架化方案，以解決南鐵地下化帶來的風險，並打通府城聯外交通。台南市政府回應，市府逐年編列鐵路地下化建設經費，尚無財政負債之虞；而鐵路地下化對地下水文影響極小，且已有抗土壤液化對策；另外，鐵路高架化影響更多民眾權益，不利整體都市及交通健全發展。
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蘇煥智表示，鐵路地下化造價昂貴、工期長，在中央與地方政府都財務困窘的狀況之下，台南的鐵路地下化工程很可能會不斷延宕，屆時可能會嚴重影響台南的國際競爭力。再者，由於鐵工局對台南地下水的假設錯誤，忽略台南台地的地下水包含新化丘陵地帶豐沛的淺層地下水，以及後甲里斷層溢出的豐沛深層地下水，鐵路地下化施工後，地下水阻斷，鐵路以東部分地下水位上升，形成一個地下水庫，若大地震來襲，土壤層搖晃，易造成土壤液化危機，房屋大量倒塌的機率將大增。
蘇煥智提出「原軌雙層高架化」方案，他說，該方案造價較地下化便宜、工期短、可避免水患與大地震可能造成土壤液化的城市災難，增加一條快速道路和一條寬廣的平面道路，解決進出市中心的交通堵塞，行車時間可以縮短十五到二十分鐘。
台南市政府則回應，行政院98年核定「台南市區鐵路地下化計畫」總經費293.6億元，確定經費分擔比例為中央87.5％、市府12.5％。其中市府負擔經費約36.7億元，自99年迄今已逐年編列預算，尚無財政負債之虞。
針對鐵路地下化建設阻斷地下水流、土壤液化可能引發施工安全疑慮，市府再次澄清經交通部鐵道局委託成大研究基金會評估後，台南鐵路地下化施工對地下水文的影響極小，水位長期亦會趨於平衡，目前台北市及高雄市均有鐵路地下化施工案例，亦未聽聞施工後對地下水文造成影響。
另外，台南鐵路地下化僅部分區段為土壤液化中潛勢區，對照已完工台北地區、施工中高雄地區等鐵路地下化路線尚穿越高潛勢之土壤液化區位，足見台南地區鐵路地下化之土壤液化潛勢相對輕微。且完工或施工中之鐵路地下化建設亦經歷「921大地震」及「0206地震」等強震考驗，足證交通部鐵道局已有豐富工程經驗與抗液化對策，故台南鐵路地下化符合法定之耐震設計標準以保障工程安全。
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據交通部鐵道局評估，鐵路高架化所需路權寬度為17.5公尺，較目前鐵路地下化所需路權寬度16.3公尺多出1.2公尺，將增加工程用地及民房拆除面積，影響更多民眾權益。
此外，南市府強調，鐵路地下化對於沿線兩側土地使用、交通系統之整體規劃及市容景觀等實質環境之改善與提昇，均明顯優於鐵路高架化建設。否則北部原定採行鐵路高架化之桃園市，何須再向中央力爭改採鐵路地下化，為整體都市及交通健全發展奠定長遠基礎。