嘉義縣副縣長吳芳銘退出民進黨後，在2018九合一選舉登記日期的8月27日登記參選嘉義縣長，並宣布辭去副縣長職，却因0823水災及張花冠縣長左腳發生「蜂窩性組織炎」不良於行，為顧及救災與縣政而一直未予批准，惟民進黨議員不斷在議會質問，張花冠終於同意自11日准辭吳芳銘副縣長職。
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嘉義縣議會現值定期會期，張花冠可能每天都必須面對挺民進黨參選人翁章梁的議員，多人不斷質問張花冠，何時讓吳芳銘辭職？終於在張花冠腳傷痊癒時，同意吳芳銘後（11）天起正式辭去副縣長職，遺缺由現任縣府綜合規劃處長李明岳接任。
吳芳銘登記參選縣長後仍以副縣長身份，跑遍嘉義縣的大小行程，引起挺翁章梁的民進黨議員林沐惠、陳怡岳、林秀琴等人不以為然，而不斷質問張花冠，要求張花冠讓吳芳銘辭去副縣長職務專心去選舉。
吳芳銘也在今（9）日上午10時30分以「感謝共同攜手向前，期待再開創一個用智慧展開展專業治理的新局面」發表一封給縣府同仁的公開信，信中充滿感恩、感謝之意。吳芳銘表示，自決定退黨參選以來，因副縣長的身份，讓縣長和縣府團隊遭受議論，感謝縣長與縣府團隊的包容。在登記參選縣長後，即提出辭呈，在經歷0823水災救援和復原工作告一段落後，獲得准辭，得以全心投入縣長選舉，心中充滿感謝。
吳芳銘指出，台灣民主政治發展至今，經歷了2次的政黨輪替，卻沒有進化成「良治施政」或是「專業治理」的優質政治，還是停留在「以黨治國」、「黨意優先」的政治正確和政黨優先的窠臼；認為應以人民、以地方的永續發展為優先，而不是以黨意、以個人派系的團結為宗旨，應是為人民服務，而不是以黨的旨意做事，故投身到了縣長選戰當中。
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他説，在面對昔日同黨同志的批評，銘願一切概括承受，接受社會公評，只求引玉出磚，喚起民眾對於民主政治價值和效能的重新思考、信任與關注，讓嘉義的發展能快步向前；張縣長和縣府團隊八年餘的努力不懈，為嘉義縣的未來奠定了良好的發展基礎。
吳芳銘認為，未來的嘉義，必須繼續落實終結派系霸權，走向人民福祉至上和從專業能力解決問題的新政治，為縣民尋求改變嘉義政治生態的新生命，還望能有再次合作的機會，為嘉義縣的發展，開創一個用智慧展開專業治理和以民為念的新政治局面。